Зотов Иван Георгиевич
(с 1960 по 1961 гг.) 

Назначен директором с 1 сентября 1960 года. Ранее работал на рыболовецких судах. Морская профессия для него оказалась более привлекательной, и через год он вновь вернулся в море. Но,  даже находясь в дальних плаваниях, не забывал о школе, присылал коллективу поздравительные телеграммы.

Чирковская Надежда Петровна
(с 1962 по 1973 гг.)

Наибольших успехов школадостигла под руководством Чирковской Н. П. Она пользовалась уважением не только учителей, учеников и родителей, но и профессорско-преподавательского состава Калининградского университета. Была участником двадцать третьего съезда КПСС, где познакомилась с первым космонавтом Ю.А.Гагариным.

Никонова Клавдия Терентьевна
(с 1973 по 1982 гг.)

Была очень исполнительным и требовательным руководителем, при поддержке Клавдии Терентьевны в школе вели активную деятельность профсоюзный комитет, партийный комитет и ученическое самоуправление.

Суслова Ева Николаевна
(с 1982 по 1993 гг.)

Была одной из самых молодых, красивых и интеллигентных директоров школ города Калининграда, талантливым учителем математики. Ева Николаевна руководила первыми инновационными проектами школы: при ней были создана программа развития, формирование разноуровневых классов профильной направленности.

Мишуровская Татьяна Павловна
(с 1993 гг.)

Заслуженный учитель России, кандидат педагогических наук. Инициатор и руководитель инновационных образовательных проектов, которые сделали гимназию № 40 одним из самых ярких учреждений Калининградской области, дважды победителем конкурса инновационных школ Российской Федерации, лауреатом конкурса "Топ 500 лучших школ Российской Федерации", многократным победителем региональных конкурсов, проектов и программ.

Вместе с коллективом учителей прошла путь от школы № 40, в которой обучались 600 учащихся, к гимназии № 40 имени Ю.А. Гагарина, учащимися которой называют себя 2300 гимназистов.

Соруководитель общественной кафедры "Образование и дипломатия", научный консультант "Школы юного дипломата", организатор международных образовательных проектов, сделавших гимназию надёжным партнёром школ и общественных организаций в Великобритании, Германии, Дании, Латвии, Литве, Польше, Франции, Швейцарии.

Спортсменка, занимается марафонским бегом.